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琼脂糖

琼脂糖是线性的多聚物,基本结构是1,3连结的β-D-半乳呋喃糖和1,4连结的3,6-脱水α-L-半乳呋喃糖。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高,凝胶性能越好。质量较好的琼脂糖强度通常在1200克/cm2以上(1%胶浓度)。琼脂糖具有亲水性,并几乎完全不存在带电基团,对敏感的生物大分子极少引起变性和吸附,是理想的惰性载体。                      

琼脂糖分类及分辨DNA分子大小的范围

市售的琼脂糖根据熔化温度不同,可分为标准熔点琼脂糖和低熔点琼脂糖

琼脂糖类型

凝结温度

熔化温度

商品名

标准琼脂糖

Gelidium spp分离Low EEO

35~38℃

90~95℃

SeaKem LE

Agrose LE

Low EEO Agrose

Molecular Biology Certified Grad

Gracilaria spp分离Low EEO

40~42℃

85~90℃

SeaKem HGT

Agrose HGT

高EEO

34~38℃

~95℃

Seakem HEEO

Agrose high EEO

高强度

34~43℃

85~95℃

FastLane

SeaKem Gold

Chromosomal Grade Agrose

低熔点/凝点琼脂糖

低熔点

25~35℃

63~65℃

SeaPlaque

35℃

65℃

Nusieve

超低熔点

8~15℃

40~45℃

SeaPrep

低粘性低熔点

 

25~30℃

70℃

InCert

38℃

85℃

Nusieve3:1

30℃

75℃

Agrose HS

各种类型琼脂糖分辨DNA分子大小的范围

琼脂糖%

标准熔点

高强度

低熔点

低粘性低熔点

0.3

700bp~25kb

 

 

 

0.5

500bp~15kb

 

 

 

0.8

250bp~12kb

800bp~10kb

800bp~10kb

 

1.0

150bp~6kb

400bp~8kb

400bp~8kb

 

1.2

80bp~4kb

300bp~7kb

300bp~7kb

 

1.5

 

200bp~4kb

200bp~4kb

 

2.0

 

100bp~3kb

100bp~3kb

 

3.0

 

 

500bp~1kb

500bp~1kb

4.0

 

 

 

100bp~500bp

6.0

 

 

 

10bp~100bp

 

选择琼脂糖注意事项

在琼脂糖凝胶中,核酸向阳极迁移的速度受到电内渗的影响。这个作用由于离子化的酸性基团(通常是硫酸盐)附着到琼脂糖凝胶的多糖基质引起的。酸性基团导致缓冲液中产生正电荷反向离子,它们向阴极迁移,从而造成与DNA反方向迁移的液流。

琼脂糖中负电荷密度越高,EEO流越大,并且核酸片段的分离越差。小片段DNA(<10kb)的延迟效应不明显,但是较大的DNA却十分明显,尤其在PFGE时。为避免此类问题,最好使用低水平EEO的琼脂糖。

 

 有关琼脂糖的应用请参考:http://122.193.26.230/appcat.php?mod=view&id=171



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